Σύμφωνα με τους γενικούς κανόνες βιολογικής παραγωγής, οι γενετικώς τροποποιημένοι οργανισμοί (ΓΤΟ) απαγορεύονται σε όλες τους τις μορφές. Οι κανόνες που αφορούν την επισήμανση των τροφίμων παρέχουν στις επιχειρήσεις τη δυνατότητα να διασφαλίζουν την τήρηση αυτής της απαγόρευσης. Επίσης απαγορεύεται η επεξεργασία με ιονίζουσες ακτινοβολίες.
Οι επιχειρήσεις που επιθυμούν να ασχολούνται ταυτόχρονα και με τους δύο τύπους γεωργικής παραγωγής (βιολογικής και μη βιολογικής) πρέπει να φροντίζουν για το διαχωρισμό ζώων και εδαφών.
Η βιολογική φυτική παραγωγή οφείλει να τηρεί ορισμένους κανόνες που αφορούν:
Τα άγρια φυτικά είδη που συλλέγονται σε ορισμένες ζώνες μπορούν να θεωρηθούν επίσης ως βιολογικά προϊόντα, στο βαθμό που πληρούν ορισμένους όρους όσον αφορά τη συλλογή τους και τη ζώνη προέλευσής τους. Τα θαλασσινά φύκια μπορούν επίσης να θεωρηθούν ως βιολογικά προϊόντα, εφόσον πληρούνται ορισμένες προϋποθέσεις τόσο για τη ζώνη παραγωγής όσο και για τη ζώνη συλλογής τους.
Η βιολογική ζωική παραγωγή πρέπει να τηρεί ορισμένους κανόνες που αφορούν:
Για τα ζώα υδατοκαλλιέργειας εφαρμόζονται ανάλογοι ειδικοί κανόνες.
Ο Κανονισμός (ΕΟΚ) 889/2008 επιτρέπει τη χρήση περιορισμένου πλήθους προϊόντων και ουσιών στη βιολογική γεωργία. Τα προϊόντα αυτά μπορούν να προορίζονται για τη φυτοπροστασία και λίπανση φυτικών ειδών, για τις ζωοτροφές και για τον καθαρισμό των εγκαταστάσεων που χρησιμοποιούνται για τη ζωική και φυτική παραγωγή. Σε ορισμένες περιπτώσεις προσδιορίζονται συγκεκριμένα όρια και προϋποθέσεις για την εφαρμογή των εν λόγω προϊόντων.
Οι εκμεταλλεύσεις που αρχίζουν δραστηριότητα βιολογικής παραγωγής οφείλουν να διέρχονται κάποια μεταβατική περίοδο μετατροπής. Οι λεπτομερείς κανόνες καθορίζονται επίσης στον υπόψη κανονισμό.
Οι μεταποιημένες βιολογικές ζωοτροφές πρέπει να περιέχουν βιολογικές πρώτες ύλες και δεν επιτρέπεται να έχουν υποστεί μεταποίηση με χρήση συνθετικών διαλυτών. Τα μεταποιημένα τρόφιμα πρέπει να περιέχουν κατά κύριο λόγο συστατικά γεωργικής προέλευσης. Αλλα συστατικά επιτρέπονται εφόσον περιλαμβάνεται σχετική αναφορά τους στον υπόψη κανονισμό. Οι βιολογικές ζύμες πρέπει να παράγονται από βιολογικά υποστρώματα και άλλα συστατικά για τα οποία έχει δοθεί άδεια.